La galaxie est en proie à la Guerre des Clones, un conflit à grande échelle qui oppose les maléfiques Séparatistes et leurs immenses armées d'androïdes à la République. Les Chevaliers Jedi, protecteurs de la République, luttent pour maintenir l'ordre et restaurer la paix tandis que de nouvelles planètes succombent chaque jour aux puissances du mal. Pour prendre l'avantage, le Chevalier Jedi Anakin Skywalker et sa jeune Padawan, Ahsoka Tano, sont chargés d'une mission capitale qui va les confronter au redoutable "parrain" de Tatooine, Jabba le Hutt. D'autres épreuves et de nouveaux dangers attendent nos héros sur Tatooine, car le Comte Dooku ne tarde pas à se lancer à leur poursuite avec ses sinistres agents - dont la cruelle Asajj Ventress, prête à tout pour faire échouer Anakin et Ahsoka. Pendant ce temps, sur le front, Obi-Wan Kenobi et Maître Yoda s'efforcent vaillamment de préparer l'armée des clones à résister aux forces des Ténèbres...

Treinta años después de la victoria de la Alianza Rebelde sobre la segunda Estrella de la Muerte (hechos narrados en el Episodio VI: El retorno del Jedi), la galaxia está todavía en guerra. Una nueva República se ha constituido, pero una siniestra organización, la Primera Orden, ha resurgido de las cenizas del Imperio Galáctico. A los héroes de antaño, que luchan ahora en la Resistencia, se suman nuevos héroes: Poe Dameron, un piloto de caza, Finn, un desertor de la Primera Orden, Rey, una joven chatarrera, y BB-8, un androide rodante. Todos ellos luchan contra las fuerzas del Mal: el Capitán Phasma, de la Primera Orden, y Kylo Ren, un temible y misterioso personaje que empuña un sable de luz roja.

Mientras las Guerras Clon barren la galaxia, Anakin Skywalker y su nueva aprendiz Padawan, Ahsoka Tano, se aventuran en una arriesgada misión para rescatar al hijo secuestrado de Jabba el Hutt, el señor del Crimen. El renegado Conde Dooku y su letal y cruel vasalla Asajj Ventress harán todo lo posible por hacerles fracasar, haciendo que la misión de Anakin Skywalker tenga graves consecuencias.Mientras, en la línea de batalla, Obi-Wan Kenobi y el maestro Yoda lideran el masivo ejército clon en un valiente esfuerzo por derrotar al ejército droide y resistir a las fuerzas del lado oscuro.

"Secret Warriors" relata las aventuras de los personajes más nuevos y queridos por parte de los aficionados de Marvel en los últimos años. Ms. Marvel, Chica Ardilla, Temblor, Patriota, América Chávez e Inferno unen sus fuerzas para crear un increíble grupo de aspirantes a superhéroes.